1年間（領収書の日付ベースで1月1日から12月31日）にかかった医療費（それらに関して受け取った給付金などがあればそれを差し引いた正味の医療費総額）が10万円を超えていれば、その超えた部分が所得控除の対象となりますので、確定申告をすることで納めた税金の一部を取り戻すことができます。医療費は、生計を一にする家族の分を合算することもできます。
医療費控除の対象になるのは、「治療」目的の費用であり「予防」目的の費用は含まれません。「治療」か「予防」かについては最終的に税務署が判断しますが、病院等で受けた治療費（出産費用も含む）やお薬代（薬局で購入したものも含む）、通院のための交通費（緊急と認められる場合のタクシー代も含まれる）などがそれに該当します。
これに対して、健康目的のサプリメント購入費用や予防接種費用、メガネやコンタクトレンズ購入費用、美容目的の施術費用などは「治療」とは認められず、医療費控除の対象とはなりません。
なお、医療費控除の申告（還付を受けるための申告）は、確定申告の期間内（通常2月16日から3月15日まで）でなくても構いませんので、税務署が混雑する上記時期を避けて申告することも可能です。